• Mokykla atidaryta 1981 metais.
  • Pirmaisiais mokslo metais mokėsi 891 mokinys, dirbo 46 mokytojai.
  • 1995 metais mokykla tapo šalies iniciatyvių mokyklų klubo nare.
  • 1997 metais mokykla pavadinta Jonavos krašto knygnešio Justino Vareikio vardu.
  • 2001 metais reorganizuota į pagrindinę mokyklą.
  • 2001 metais mokyklos pastatas renovuotas.
  • 2012 metais atlikta mokyklos stadiono renovacija.
  • 2013 metais mokykla reorganizuota į progimnaziją.