Mokyklos geologijos muziejus įkurtas 1993 metais, gruodžio 5 dieną, padedant buvusiam Vilniaus geologijos instituto darbuotojui, geologijos mokslų daktarui Eduardui Vodzinskui. Geologijos muziejuje yra apie 400 eksponatų. Daugumą jų surinko būrelio nariai, dalyvaudami respublikinėse vasaros ekspedicijose, dovanojo geologijos institutas, parvežė draugai iš kelionių.